SMK Insan Cendekia Yogyakarta membiasakan budaya relegius dengan inidkator pelaksanaan sholat dhuha di kelas , sholat dhuhur berjamaah, doa dengan membaca asmaul husna dan kitab hidayatul mutaalimin serta pembiasaan perilaku sopan santun dan tanggung jawab.SMK Insan Cendekia Yogyakarta akan terus berupaya untuk dapat melaksanakan prinsip pendidikan berbasis agama, komputer, dan bahasa inggris agar mampu meluluskan insan yang memiliki kecakapan hidup dan dapat menjalani hidup layak serta mampu mengembangkan dirinya guna beradaptasi dengan pearkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi.